Mientras que clone duplica la instancia en su estado actual dup copia los datos en nueva instancia. ejemplo:

module Tales
  class Uno
    def hmm
      "hmm"
    end
  end
end

a = Tales::Uno.new

def a.hmm
  "zomg"
end

b = a.clone
c = a.dup

p a.hmm
p b.hmm
p c.hmm

produce :

“zomg” “zomg” “hmm”

como se ve en el ejemplo clone duplicó la instancia incluso con el método creado en tiempo de ejecución, mientras que dup creó una instancia nueva.